Johannes Seelig studierte von 1997-2002 Physik an der Universität Basel mit Nebenfach Molekularbiologie. Seinen Doktortitel auf dem Gebiet der Einzelmolekülmikroskopie erhielt er 2006 an der ETH Zürich. Er war Postdoktorand (2007-11) und später als Forschungsspezialist (2011-2015) am Janelia Research Campus tätig, wo er an neuronalen Schaltkreisen in Drosophila arbeitete. Seit 2016 ist er ein unabhängiger Max-Planck-Forschungsgruppenleiter am Max-Planck-Institut für Neurobiologie des Verhaltens – caesar.
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